故事以电影版《沉默的游行》的四年前为舞台，在帝都大学担任准教授的汤川学（福山雅治饰），有多年朋友刑警草剃俊平（北村一辉饰）及他的部下牧村朋佳（新木优子饰）到访。他们在调查自由作家长冈修被被朝后脑殴打致死的事件，草剃查到长冈是茨城县光原市一个有关科学技术公共事业的反对派成员，而在现场留下一张记忆卡，内里有一支影片，拍到从死者房间中看到仓库墙壁突然开了一个洞的奇妙现象，看了这支影片的汤川意外地对此感兴趣，要草剃带他去到影片中的仓库…